本校原名溥仁學校，於1965年由聖母聖心傳教修女會創立，是全港第一所獨立校舍之新區標準學校。當時新區學額需求殷切，溥仁之誕生正為東頭村及鄰近之適齡學童締造不少入學機會，讓莘莘學子得以受惠。

溥仁於2000年完成學校改善工程，加建新翼校舍，並由當時的香港主教胡振中樞機祝聖及剪綵，及後改名為天主教溥仁學校。學校因應區內人口老化及全港出生率驟降的情況，2003年起逐步由上、下午校制合併為全日制，於2007年完成轉制過程，全面實施全日制授課。

2011年9月1日起，無玷聖母獻主會正式接辦本校，改名為獻主會溥仁小學。